JMS Augsburg wird als eingetragener Verein von einem Vorstandsteam geführt, das üblicherweise aus einem Vorsitzenden, der für den vereinsexternen, kundennahen Bereich, einem weiteren Vorsitzenden, der für vereinsinterne Angelegenheiten verantwortlich ist, sowie einem Vorstand Finanzen und Recht, besteht.

Der Vorstand wird bei der operativen Arbeit vom Managementboard unterstützt. Dieses besteht aus fünf Ressorts, die sich in die Bereiche CRM & Akquise, Marketing & PR, Qualitätsmanagement, Netzwerk und Organisation & IT gliedern.

Den fünf Ressortleitern des Managementboards werden Ressortteams zur Seite gestellt, die aus den verbleibenden Vereinsmitgliedern bestehen.